Za czasów niemieckich i do 1946 roku Milikowice były parafią obsługiwaną przez duszpasterza niemieckiego. Po jego wyjeździe Milikowice przestały istnieć jako samodzielna parafia. Chwilowo opiekę duszpasterską sprawowali księża ze Świdnicy a potem z Jaworzyny Śląskiej. W tych latach władze komunistyczne zabrały plebanię w Milikowicach, co utrudniało przybycie jakiegokolwiek kapłana. Jaworzyna Śląska przejęła pod opiekę Stary Jaworów i Witków, Milikowice zaś dostały się pod opiekę Witoszowa, który sprawował opiekę nad kościołem i wioską Milikowice do czerwca 1961. Pozostawioną przez Witoszów parafią nikt nie chciał się zająć, w wyniku czego parafia stała się bardzo zaniedbana, Do ruiny został doprowadzony nie tylko kościół ale i wiara we wsi.
Dzięki staraniom garstki parafian, udało się znaleźć duszpasterza. Od roku 1961, parafią zajął się Ks. dziekan świdnicki Dionizy Baran, który dalsze duszpasterstwo powierzył Ks. Kazimierzowi Mihilewiczowi. Mimo początkowych pustek w kościele i garstek dzieci na katechizacji, starał się On podnieść upadłą parafię. Wtedy to odbył się generalny remonto kościoła, naprawa dachu, malowanie wnętrza, tynkowanie z zewnątrz. Nauk religijne prowadziły siostry zakonne, One też przygotowywały dzieci do I. Komunii Świętej.
Po trzyletniej pracy duszpasterskiej Ks. Kazimierza Mihilewicza parafię ponownie objęła Jaworzyna Śląska, a duszpasterzem został Ks. wikary Stanisław Mackiewicz. W marcu 1966, w roku tysiąclecia Państwa Polskiego, Milikowice, Stary Jaworów i Witków po 20 latach ponownie stały się samodzielną parafią z siedzibą w Milikowicach. Duszpasterstwo objął Ks. Andrzej Garnek jako pierwszy proboszcz parafii.